新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心（以下简称“中心”）于2002年5月经自治区编委批准成立，由原自治区地方病防治研究所、卫生防疫站、结核病防治研究所三家正县（处）级单位合并组建，为公益一类全额拨款事业单位。2023年11月加挂“自治区预防医学科学院”“自治区公共卫生检验检测中心”牌子。

根据自治区“三定”方案，主要承担以下职责：指导协调同级医疗机构并领导下级疾病预防控制中心开展疾病预防控制业务工作；在自治区重要地区和节点枢纽城市指导建设一批实验室，与高等学校、科研研所、医疗机构、企业等第三方开展实验室共建，为各级疾病预防控制局提供技术支撑。

中心内设26个科室，其中职能科室9个、业务科室17个；核定编制455名，专业技术人员占比88%。现有病原微生物、理化、媒介生物、毒理、放射卫生检测与评价等各类检测与鉴定实验室247间，包括生物安全一级实验室47间、二级实验室62间、加强型二实验室10间、PCR实验室30间，配备移动检测车2辆；另有理化实验室62间，仪器室、试剂耗材室、资料分析室、放射卫生检测实验室等其他实验室30间。

近年来，在国家疾控局、中国疾控中心的大力支持以及自治区卫生健康委、疾控局的正确领导下，中心先后荣获全国消除疟疾工作先进集体、爱国卫生运动70周年先进集体、自治区抗击新冠肺炎疫情先进集体、新疆维吾尔自治区成立70周年庆祝活动专项工作先进集体、全国文明单位等集体荣誉10余项。