按照卫生厅《2005-2006年度新疆流感/人禽流感监测实施方案》的要求，新疆流感/人禽流感监测工作2005年9月19日正式启动。为做好配合工作，自治区疾控中心传染病防治科对全疆4家国家级流感监测哨点医院及1家省级哨点医院，自治区、乌市疾控中心流感监测网络实验室相关人员进行了技术培训。9月下旬，自治区疾控中心组织各哨点医院和网络实验室相关人员，前往成都接受流感/人禽流感监测国家级培训。

自治区疾控中心负责全疆流感监测工作的实施。传染病防治科流感实验室负责对乌市儿童医院分院、昌吉州及呼图壁县人民医院流感样病例标本收集和病毒分离鉴定工作。通过流感/人禽流感监测信息系统上报流感病原学监测数据。分离到的流感毒株经初步鉴定后及时送国家流感中心进行复核。流行病学监测数据显示，从10月下旬至11月中、下旬，流感样病例就诊数出现了一个高峰。自治区疾控中心流感实验室截止11月底共检测流感样病例标本195份，分离到流感病毒56株，病毒分离率为28.7% ，除5株病毒分离物由于血凝滴度较低尚未做鉴定外，其余51株均为甲型流感病毒H1亚型，48株已送国家流感中心实验室复核。流感病原学监测资料显示，今年我区流感病毒主要流行株已由去年的乙型和甲型流感病毒H3亚型转变为甲型流感病毒H1亚型。该变化与近期哨点医院报告流感样病例数上升及流感暴发疫情频发有关。进入10月份以来,全区范围内已报告流感样暴发疫情数起,我中心流感实验室通过病原学监测已证实昌吉州的奇台县 、兵团工一师小学及塔城市流感暴发疫情为甲型流感病毒H1亚型所致。

从流感监测情况看，本年度对全区流感监测工作的强度及工作量明显超过往年。任务繁重，实验室人员相对不足。自9月份以来,自治区疾控中心流感实验室工作人员加班加点，节假日照常工作，为全区流感/人禽流感防控工作提供了有力的技术支持。

自治区卫生厅为全区15个地、州、市配发了流感快速诊断试剂盒，用于人禽流感医学观察病例的初步检测。自治区疾控中心传染病防治科11月中旬对以上各地疾控中心的管理、现场流调及实验室人员，针对新疆流感/人禽流感等重点呼吸道传染病的防控；流感快速诊断试剂盒的使用；标本采集等内容进行了培训

在全区禽流感防控形势日趋严峻的情况下，自治区疾控中心人禽流感防控工作领导小组为中心传染病防治科装备一套BSL-2 实验室，近期内将建成并投入使用 。自治区疾控中心流感实验室在现有的实验条件下，先后对6例来自不同疫区（安宁区、鄯善县、米泉县）的人禽流感医学观察病例的标本进行了实验室排查。11月24日，在卫生部专家的建议下，自治区疾控中心将乌鲁木齐市疾控中心送检的4例人禽流感医学观察病例标本送往国家流感实验室进行排查。12月1日国家流感实验室的检测报告显示，4例医学观察病例均排除甲型流感H5亚型感染。