根据新疆科技厅科学技术进步奖申报要求，2004年底我中心按要求申报了自治区科学技术进步奖。经过单位初审，科技厅进行形式审查后，组织全疆科学技术进步奖评审委员会对项目进行初评，初审结果经公示无异议后进行了终评。新疆科技厅2005年度共评出新疆维吾尔自治区科学技术进步奖一等奖17项，二等奖33项，三等奖73项。

中心鼠疫防治科徐秉臣副研究员主持的“加碘器研制及在消除碘缺乏病中的应用”及寄生虫病科李宝山主任医师主持的“新疆学龄前儿童和中小学生肠道寄生虫病调查与防治研究”分别获得2005年新疆维吾尔自治区科学技术进步奖二、三等奖。