根据国家自然科学基金委《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》、国家科技部《关于严肃财经纪律规范国家科技计划课题经费使用和加强监管的通知》的规定，为落实科学发展观，加强中心科研课题的管理，规范中心及附属单位科研计划的课题管理，提高科研资金的使用效益，充分调动专业人员开展科学研究的积极性、创造性,增强中心科技创新的能力和水平，促进中心优秀科技人才的成长，中心制定并出台了《新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心科研管理办法》（以下简称《管理办法》）。《管理办法》共分九章54条，对科研课题的类型、申报科研课题的程序，科研项目的执行及监督检查，项目结题、验收、现场勘验、成果鉴定，科研文件的管理形式，课题经费的开支范围及项目经费的核算，科研奖励的分类及奖励办法和实行处罚的情况等方面进行了明确的规定。中心科研管理与教学培训科将收集各科室及附属单位在执行《管理办法》中出现的问题和提出的意见，并及时反馈给中心学委会，以便不断完善《管理办法》。