为加强我中心对实验室医疗废物的安全管理和处置，防止环境污染与疾病传播，根据《中华人民共和国传染病防治法》、《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》、《医疗废物管理条例》、《医疗卫生机构医疗废物管理办法》，自治区CDC组织相关科室负责人，就疾病预防控制机构在检测工作中产生直接或间接感染性、毒性以及其他危害性废物的管理等方面展开了认真的讨论，从多方面收集了便于操作的管理方式，于2006年8月22日制定出《自治区疾控中心医疗废物安全管理与处置管理办法》，对中心各科室医疗废物的分类、收集、运送、存放、处置等作了详细的规定及说明。同时中心又与乌鲁木齐绿城环保有限公司签订了“医用特种垃圾收运处置协议”，以便完成对中心医疗废物的最终处理。