为了解我区《疫苗流通和预防接种管理条例》、《预防接种工作规范》、《疫苗储存和运输规范》的执行和流动儿童管理及国家免疫规划疫苗接种等情况，促进免疫规划工作的全面开展，2006年10月25～30日，卫生部督导组对我区进行了督导检查。

督导组通过听取汇报、召开座谈会、现场调查、审核材料、填写调查等方式对自治区卫生厅、自治区CDC，新疆生产建设兵团卫生局、CDC，吐鲁番地区及伊犁州卫生局、CDC，鄯善及霍城县卫生局、CDC、4个乡、8个村、2所幼儿园、2所小学进行了全面的督查和指导。督导组针对部分地区存在的问题提出了相应的建议：一、免疫规划专项经费不足。建议各级卫生局和疾控机构加强政府领导层开发工作，争取相关的工作经费。二、查验接种证工作落实不到位。建议各级卫生行政部门和疾控机构加强对接种证的查验，加快接种证补证和疫苗接种补种工作的落实，同时加强与相关部门的协作。三、对中央转移支付经费执行缺乏力度，有接种补助经费挪用或被扣留现象。建议各级政府加强督查，确保接种补助经费落实到人。四、资料管理缺乏科学性，出现疫苗领发登记制度不健全，领发数目不符等现象。建议自治区CDC加强培训工作，提高各级业务人员素质。五、鄯善县2个乡和4个村预防接种单位均未对儿童第一类疫苗接种情况进行公示或告示。建议加快落实国家免疫规划第一类疫苗的公示制度。六、人员编制不足，特别是吐鲁番地区CDC未设本地区负责免疫规划工作的专职人员。七、免疫规范宣传教育工作溥弱，缺乏日常性宣传，只局限于“4·25”接种日及脊髓灰质炎强化免疫活动期间的宣传。