为保证2006年国家健康相关产品卫生监督抽检工作的质量，卫生部委托中国疾控中心组织以全国省级CDC为主体的33个食品检测实验室，开展检测质量考核。从盲样考核种类、检测项目、数据处理、分析记录均代表了国内此类考核的最高水平。卫生监测中心参加了本次国家要求的3类样品中的全部考核项目。

卫生监测中心和质管办对考核工作非常重视，根据考核要求，制定缜密的实验方案，组织相关检验人员连续加班进行实验，完成考核样品的检测工作，并在规定的时间内将检测结果、样品图谱、方法检出限等相关技术资料上报。经中国疾控中心的专家考评，卫生监测中心在全部考核项目中均获得优秀成绩。